Vous pouvez désormais écouter l’ADN d’une tomate

« Ce que vous venez d’entendre est l’ADN d’une tomate traversant un nanopore », a déclaré David Eccles au public de TEDxWellington, après avoir fait écouter le morceau ci-dessus. Ce vaillant bioinformaticien, quoiqu’un peu masochiste sur les bords — il a choisi d’étudier la biologie parce que c’était son point faible au lycée —, originaire de Nouvelle-Zélande, a récemment travaillé sur le séquençage génétique, et plus particulièrement avec le plus petit et rentable séquenceur ADN du moment, MinION.

Des chercheurs ont utilisé MinION pour étudier le virus Ebola en Afrique et les rainettes dans leur habitat naturel dans la forêt de Tanzanie. Le MinION a rendu tout cela possible ces deux dernières années. Eccles, entouré d’un groupe éclectique d’intellectuels au TEDxWellington, dit avoir eu une toute autre inspiration. « J’aime penser hors du cadre. Quand je vois des choses ondulées, je pense au son. Aux ondes sonores. Et si on pouvait écouter l’ADN ? », décrit-il durant sa conférence.

Quand l’ADN est séquencé à l’aide de la technologie des nanopores, le rendement brut est un fichier qui ressemble à une onde sonore. Eccles a chargé les données collectées d’un ADN séquencé sur Audacity et a ensuite modulé la fréquence jusqu’à obtenir le résultat présent. Il a été décidé de transformer une séquence ADN en son après avoir écouté la conférence « Begin to Obsolescence » d’un confrère au TEDxWellington, Asher alias Skymning, dont l’exposé a principalement consisté en une performance de musique analogique et qui a invité Eccles à faire du son à Ableton.

Sans surprise, la séquence sonne comme un morceau expérimental au synthé en accéléré. Eccles a posté le fichier sur le forum bioinformatique de Reddit. Il avoue que « si on ralentit le morceau 10 à 40 fois, ça devient un peu plus mélodieux ».

On a donc le son de l’ADN d’une tomate, mais quid de l’ADN humain ? Eccles raconte à The Creators Project que les deux seraient tout à fait à leur place sur le même album. « Les séquences ADN sont généralement dues au hasard, mais il y a des contraintes variées qui impliquent qu’il y aura une structure similaire au niveau du séquençage », explique-t-il.

« Nous partageons un peu le même principe vital : les humains et les tomates ont besoin de survivre dans ce monde — nous respirons l’air, nous nous reproduisons et nous avons des demandes en énergie par exemple — nous avons donc en commun plus que des points en commun biologiques. »

Au-delà de la nouveauté du rendement sonore de l’ADN, un modèle sonore peut être utile pour les chercheurs. « Nous ne pouvons pas encore examiner les séquences ADN, du moins pas dans leur intégralité. Toutes les recherches technologiques actuelles de séquençage cherchent à convertir l’objet physique de l’ADN en modèle. […] Le modèle électrique qu’Oxford Nanopore a développé est le plus proche qu’on ait aujourd’hui pour examiner l’ADN. J’ai utilisé le son comme proxy pour visualisation car le signal électrique se traduit bien en son. »

Un condensé de la conférence est disponible en ligne. Allez à 1:29:00 pour voir Eccles dans la vidéo ci-dessus, et à 5:26:15 pour écouter Skymning.